В этом романе погибают многие герои — почти все, кто искренне (в отличие от Петруши Верховенского) связал свою жизнь с «демоном» — Ставрогиным.
Члены «пятерки» во главе с Петрушей убивают Шaтова. Тело убитого сбрасывают в пруд. Подобно Нечаеву, Петруша «повязал» членов своей шайки кровью; теперь все они в его руках.
После совершения этого злодеяния Верховенский подталкивает к самоубийству Кириллова, который обещал Петруше взять вину за беспорядки на себя.
Жена Шатова, бросившись на поиски мужа, смертельно простудилась сама и застудила младенца. Ставрогин и его окружение проносится по городу, как чума. В итоге Петруша срочно покидает город. Преступление скоро раскрывают. Ставрогин, окончательно отчаявшись, повесился в своем загородном имении.
Ho это лишь внешняя канва событий. По ходу чтения читателя не оставляет смутное подозрение, что на совести Ставрогина еще одно страшное и тщательно скрываемое преступление, которое мучает его сильнее всего. Об этом рассказывается в главе, по цензурным требованиям исключенной Достоевским из основного текста романа. Глава эта называется «У Тихона», и повествуется в ней о том, как, еще живя в Петербурге, Ставрогин, желая испытать, до какого предела падения он может дойти, сначала намеренно обвинил в краже малолетнюю дочь своей квартирной хозяйки Матрешу, а затем пошел на еще большее зло, хладнокровно и расчетливо соблазнив ее. Для маленькой Матреши это стало ужасным потрясением, рассказать об этом кому-либо она боялась (Ставрогин, в свою очередь, страшился, что Матреша расскажет и тогда ему не миновать каторги). Ho мысль о том, что она «Бога убила», то есть разрушила Божий мир в себе, невыносимо мучила девочку. И вот однажды, когда никого не было дома, Ставрогин увидел, как Матреша появилась в проеме двери и, погрозив ему маленьким кулачком, ушла в чулан… Он догадался, зачем она пошла туда, — побежать бы, спасти, но тогда придется все объяснять, а так уже никто ничего не узнает. И Ставрогин выжидает нужное время, а затем, войдя в чулан, убеждается в правоте своей догадки: Матреша повесилась.
С тех пор образ маленькой Матреши не дает Ставроги-ну покоя. И он, уже по приезде в город написав «Исповедь», идет по совету Шатова в местный монастырь к старцу Тихону за помощью. Ho Тихон, прочитав «Исповедь», понимает, что она не свидетельствует о подлинном раскаянии Ставрогина, что его намерение обнародовать «Исповедь», то есть публично признаться в своем преступлении, тоже есть не более чем вызов обществу и еще одна попытка самовозвышения. Тихон знает, что такому, как Ставрогин, может помочь только «труд православный», то есть долгая и упорная работа самосовершенствования, а если «сразу», как хочет Ставрогин, то «вместо Божеского дела выйдет бесовское». Ставрогин отказывается от советов Тихона и со злобой покидает его…
Итак, роман кончается вроде бы трагически, все главные герои погибают, и лишь небольшим просветом на этом фоне выглядит судьба Степана Трофимовича, который на исходе жизни наконец решил порвать с прежним существованием и отправляется в путешествие по России. Далеко он, естественно, не уходит и, больной и ослабевший, вынужден остановиться на ближайшей станции. Там он знакомится с женщиной, торгующей религиозной литературой, и просит ее почитать ему Евангелие, которое он, по собственному признанию, не открывал уже «лет тридцать». Он с радостным умилением слушает, как книгоноша читает ему ту самую главу из Евангелия от Луки, повествующую, как Христос изгнал из тела одержимого легион бесов, а они попросили у Христа разрешения войти в пасшееся невдалеке стадо свиней. Христос разрешил им, бесы вошли в свиней, стадо обезумело и бросилось в море. Пришедшие же люди «нашли человека, из которого вышли бесы, сидящего у ног Иисуса, одетого и в здравом уме ».
Степан Трофимович, единственный из персонажей романа, умирает в спокойствии и даже в радости.
Достоевский предчувствовал, что революционное «бесовство» еще принесет России и всему миру немало бед. Время подтвердило самые худшие его опасения. В «Бесах» вообще очень многое предсказано с поразительной точностью.
Этот роман, в котором гениально угадано все то страшное, что произошло в России в грядущие десятилетия, оказался почти совсем не понят не только по выходе в свет, но и еще долгие десятилетия спустя. Критики-современники называли роман «бредом», «белибердой», «клеветой». Например, Н. К. Михайловский писал: «…нечаевское дело есть до такой степени во всех отношениях монстр, что не может служить темой для романа с более или менее широким захватом»; в общественном движении нечаевщина «составляет печальное… исключение», «третьестепенный эпизод». И. С. Тургенев же утверждал, что «у Достоевского нападки на революционеров нехороши: он судит о них как-то по внешности, не входя в их настроение».
Ho при этом вспомним о том, что Достоевский в начале работы над романом отказался от простого обличения нигилистов и «мошенников-социалистов». Введя в роман фигуру «вождя», Ставрогина, Достоевский показывает: трагедия современной ему России в том, что именно лидеры, кому полагалось быть лучшими, поражены безверием и образуют нечто вроде черной дыры, через которую врываются силы зла. Ведь рядом со Ставрогиным как бы усиливаются отрицательные качества у всех окружавших его: и у Шатова, и у Кириллова, и у Лизы, и у Петруши. К сожалению, это положение Достоевского оказалось понято еще менее.