Книга девятая, "Красная Смерть", повествует о жизни юноши Тихона в раскольничьем скиту. Скитница Софья призывает Тихона к самосожжению; сквозь лик Софии Премудрости Божией проглядывает и соблазнительный лик земной. В одном из разговоров некий старец говорит, что Антихрист еще не Петр — настоящий возьмет Божий престол любовью и лаской и тогда будет страшен.
Тихон присутствует на раскольничьем "братском сходе". Отцы ругаются из-за обрядов "точно так же, как во времена Юлиана Отступника на церковных соборах при дворе византийских императоров". Спорящих усмиряет только известие о том, что к деревне идет "команда" — громить раскольников. Скит собирается устроить массовое самосожжение. Тихон пытается уйти от него, но Софья, отдавшись юноше, уговаривает его принять Красную Смерть. При пожаре старец Корнилий уходит из пламени через подземный ход, забрав с собой и Тихона. Тот, разочарованный лицемерием старца, бежит синего.
Царевич Алексей предчувствует скорую смерть, много пьет, боится отца и одновременно надеется на прощение. На очередном допросе выясняется, что Евфросинья, любовница Алексея, предала его. Взбе-шенный этой изменой и тем, что их новорожденный ребенок, очевидно, умерщвлен по приказанию Петра, Алексей признается в том, что замышлял бунт против отца. Петр жестоко избивает сына. Церковь не препятствует будущей казни Алексея; царь понимает, что вся ответственность — на нем.
На суде Алексей называет отца клятвопреступником, Антихристом и проклинает его. Затем, под пытками, подписывает все обвинения против себя. Его пытают дальше, особенно жесток сам Петр. Еще до официальной казни Алексей умирает от пыток.
Петр плывет по штормовому морю, ему кажется, что волны — кроваво-красного цвета. Тем не менее он остается тверд: "Не бойся! — говорит он кормчему. — Крепок наш новый корабль — выдержит бурю. С нами Бог!"
Тихон Запольский, уйдя от старца, становится членом еретической секты, учение которой похоже на язычество, а обряды — на дионисические. Но юноша не выдерживает, когда на одном из радений должен быть убит невинный младенец. Тихон восстает, и лишь вмешательство солдат спасает его от расправы. Сектантов немилосердно казнят; Тихону даруется прощение; он живет у Феофана Прокоповича — библиотекарем. Слушая разговоры образованных гостей Феофана, юноша понимает, что и этот путь — просвещенной веры — ведет, скорее, к атеизму. Тихон уходит и отсюда и вместе с сектантами-бегунами попадает на Валаам. В какой-то момент он ощущает, что благочестивые монахи, с которыми он познакомился здесь, не способны объяснить ему все. Тихон уходит. В лесу, однако, ему встречается старичок Иванушка, одновременно апостол Иоанн. Он провозглашает Третий Завет — Царство Духа. Тихон, уверовавший, становится первым сыном новой церкви Иоанна, Грома Летящего и идет нести людям открывшийся ему свет. Последние слова в романе — восклицание Тихона: "Осанна! Антихриста победит Христос".
