Лариса, перестав получать письма от мужа, бросается на его поиски, для чего поступает медсестрой на санитарный поезд.
Перед Юрием Живаго раскрываются неприглядные стороны военных будней, наполненные бесчинствами разрушительной силы. Он наблюдает беспорядки, устраиваемые анархиствующими дезертирами. Москва еще больше поражает его. Резко изменяется его отношение к революции. Он отказывается принимать ее. Чтобы оградить свою семью от военных ужасов, Живаго увозит их ближе к Уралу. Останавливаются они недалеко от города Юрятина. Но и сюда доходят жуткие отголоски войны. То и дело приходят слухи о тех бесчинствах, которые устраивает банда Стрельникова, самого лютого соперника и врага полковника Галиуллина.
Семья Живаго останавливается в селе Варыкине, где они встречают бывшего управляющего Крюгеров Микулицына. Имение Крюгеров принадлежало некогда матери Тони. Немного позже Живаго переселяются в пристройку для челяди.
Живаго проявили себя как очень трудолюбивые и неприхотливые люди. Они охотно ухаживали за домом, Юрий даже иногда принимал пациентов. Дела их пошли значительно лучше, когда совершенно неожиданно к ним явился Евграф, сводный брат Юрия. Он помог молодой семье. А сама Антонина Александровна снова ждала ребенка.
Следующий очень значительный этап в жизни Юрия Живаго — это встреча с Ларисой. Когда положение семьи упрочилось, Живаго постарался получить доступ к библиотеке. Именно здесь они и встретились. Лариса рассказывает Юрию о себе. Она признается, что наводящий ужас своей жестокостью Стрельников — это ее муж, Павел Антипов. Он вырвался из плена. Павел атаковал город Юрятин снарядами, захватывал его, но ни разу не удосужился узнать, что стало с его женой и дочерью.
Так прошло два месяца. Юрий обманывал Тоню с Ларисой, тяжело переживал это и собирался признаться жене, покончив с Ларой. Но вот только сделать этого ему так и не удалось.
Юрий Живаго против воли оказывается мобилизованным в отряд Ливерия Микулицына. Эта мобилизация произошла прямо на дороге, когда Живаго возвращался домой. «Работы у доктора было по горло: зимой — сыпняк, летом — дизентерия и во все времена года — раненые». Юрий Живаго говорил о своем неприятии революции Микулицыну. Он прекрасно понимал, что достичь мира и согласия, прийти к коммунизму нельзя через насилие и кровь. Он понимал также, что идеи революции иллюзорны и призрачны, и многие просто не осознают, за что воюют. Кроме того, он видел, что люди, пришедшие к власти, далеки от народа, как и вся власть, что они и сами не до конца понимают идеи, которые провозглашают. Два года пробыл Живаго в плену и, наконец, смог сбежать. Он возвращается в Юрятин. Город к этому времени истощен постоянными схватками, атаками, обагрен кровью. В момент возвращения доктора в город входили красные. Ларисы с дочерью дома не оказалось. Он находит в тайнике ключи, а потом и записку: Лариса надеялась найти Юрия в Варыкино. Устав от долгого изнурительного пути, Живаго засыпает, а просыпается умытым и чистым. Как оказалось, он долго болел и выздоравливал теперь с помощью Лары. Оба они теперь работают, но только недоверие к ним растет. Это период жесткого идеологического контроля, недоверия ко всему, неустойчивости. Даже под Стрельниковым начинает колебаться почва. Живаго чувствует и видит перемены. В это время он получает письмо от жены. Тоня с детьми в Москве, но ее и всех Громеко вот-вот должны выслать за границу. Живаго с болью вспоминает, что так и не увидел своего второго ребенка — дочь Машу. Но еще большую боль и страдания ему приносит мысль о том, что он больше не любит Тоню, а вот ее письмо пропитано любовью к нему.
Неожиданно в городе появляется Комаровский. Он получил приглашение от правительства Дальневосточной Республики. Комаровский предлагает Ларе и Юрию бежать вместе с ним, но они отказываются. Живаго уже знает от Лары, какую роль в ее жизни сыграл этот человек. Да и Юрий рассказал Ларисе о том, что Виктор был причастен тем или иным образом к смерти его отца.
Лариса и Юрий решают уехать в Варыкино. Село опустело, ночные звуки, и особенно вой волков, наводили ужас. Но Лара и Юра боялись их меньше, чем людей.
Снова появляется Комаровский. Он приносит дурные вести: Стрельников приговорен к расстрелу, а потому Ларе и Катеньке нужно срочно уезжать. Юрий решает, что Лариса должна отправиться с Комаровским, чего бы ей это ни стоило, и спасать себя и дочь. Лара уезжает, а Живаго остается один.
Зимние темные вечера наводят на него тоску. Постоянное одиночество, мрачный вид опустелого села, леденящие душу звуки леса, постоянный страх перед появлением людей — все это привело к тому, что Живаго потихоньку, медленно сходил с ума. Он начал пить. Юрий занимает себя размышлениями о революции, о ее оказавшихся столь далекими и призрачными идеалах, о человеке в этом вихре событий. Живаго начинает здесь же писать стихи. Он часто вспоминает о любимой, тяготится разлукой с нею.
Одиночество Живаго однажды было нарушено звуком приближающихся шагов. Со страхом ждал он появления человека. И не сразу узнал в появившемся человеке Стрельникова. Да, он был жив, ему почти ничего не угрожало. И это могло означать только одно — Комаровский обманул их. Павел и Юрий проговорили всю ночь, вспоминая Лару, а когда Юрий встал утром, то нашел Павла застрелившимся.
Живаго решает вернуться в Москву. Большую часть своего нелегкого пути он проделывает пешком. Дорога заняла у него очень много времени. Когда он появляется в Москве, здесь уже вовсю идет строительство коммунизма — это эпоха нэпа. Исхудавший и обросший Живаго долго не может найти себе пристанища, долго не может оправиться от пережитого. Постепенно он утратил свои врачебные навыки. Время от времени он брался за перо и выпускал тоненькие книжечки, которые очень ценились в небольшой группе любителей. Автор описывает еще семь или восемь лет его жизни.
Живаго жил очень скромно. Часто ему помогала по хозяйству Марина, дочь бывшего дворника семьи Громеко. Работала она на телеграфе, на линии зарубежной связи.
