Добравшись до захваченного красными Юрятина, голодный и ослабевший Юрий свалился от перенесенных тягот. Всю болезнь за ним ухаживает Лариса. После поправки Живаго устраивается на работу по специальности, но его положение было весьма шатким: его критиковали за интуитивизм при диагностике болезней и считали социально чуждым элементом. Юрий получает письмо от Тони, которое попало к нему спустя пять месяцев после отправки. Жена сообщает ему, что ее отца, профессора Громеко, и ее вместе с двумя детьми (она родила дочь Машу) высылают за границу.
Неожиданно появившийся в городе Комаровский обещает свое покровительство Ларе и Юрию, предлагая вместе с ним поехать на Дальний Восток. Однако Живаго решительно отвергает это предложение. Лара и Юрий укрываются в брошенном жителями Варыкино. В один из дней к ним приезжает Комаровский с тревожными вестями, что Стрельников расстрелян, а им грозит смертельная опасность. Живаго отправляет беременную Лару и Катю с Комаровским, а сам остается в Варыкино.
Оставшись один в совершенно безлюдном селе, Юрий Андреевич просто сходил с ума, пил, выплескивал на бумагу свои чувства к Ларе. В один из вечеров на пороге своего дома он увидел человека. Им был Стрельников. Мужчины проговорили всю ночь напролет – о революции и о Ларе. Утром, пока доктор еще спал, Стрельников застрелился.
Похоронив его, Живаго направляется в Москву, большую часть пути преодолевая пешком. Худой, одичавший и заросший Живаго поселяется в отгороженном уголке в квартире Свентицких. Ему помогает по хозяйству дочь бывшего дворника Маркела Марина. Со временем у них рождается две дочери – Капа и Клава, иногда им присылает письма Тоня.
Доктор постепенно утрачивает профессиональные навыки, но иногда пишет тоненькие книжки. Неожиданно в один из летних вечеров Юрий Андреевич не появляется дома — он присылает Марине письмо, в котором сообщает, что хочет пожить какое-то время один и просит не искать его.
Сам того не зная, Юрий Андреевич снимает ту самую комнату в Камергерском переулке, в окне которой много лет назад видел горящую свечу. Снова неизвестно откуда возникший брат Евграф помогает Юрию деньгами, устраивает его на работу в Боткинскую больницу.
По дороге на работу в душный августовский день 1929 года у Юрия Андреевича начинается сердечный приступ. Выйдя из вагона трамвая, он умирает. На прощание с ним собирается много людей. Среди них была и Лариса Федоровна, случайно зашедшая в квартиру ее первого мужа. Через несколько дней женщина бесследно исчезла: вышла из дому, и больше никто ее не видел. Возможно, она была арестована.
Спустя много лет, в 1943 году, генерал-майор Евграф Живаго узнает в бельевщице Тане Безочередовой дочь Юрия и Ларисы. Оказалось, что перед бегством в Монголию Лара оставила малышку на одном из железнодорожных разъездов. Девочка жила сначала с Марфой, сторожившей разъезд, а после скиталась по стране. Евграф собирает все стихи брата.
