16 октября 1604 года на литовской границе князь Курбский радуется возвращению на родину из изгнания, идёт в битву, как он думает, за царя, сына Иоанна. Самозванец невесел, потому что « Литву позвал на Русь», показал врагам дорогу в Москву, но считает, что виноват не он, а Борис-цареубийца.
В Царской Думе совещаются царь, патриарх и бояре. Борис отправляет Трубецкого и Басманова в Чернигов, осаждённый бунтовщиками, на помощь воеводам, отказывается от участия иноземных держав и собирается призвать в войско весь народ. Затем он обращается за советом к патриарху. Патриарх рассказывает о слепом, который исцелился, прикоснувшись ко гробу царевича Димитрия, и советует перенести святые мощи в Москву, чтобы доказать, что царевич был убит в Угличе. Все смущены речами патриарха, потому что если мощи святы, то Димитрий невинно убиенный. На помощь приходит князь Шуйский: «Не скажут ли, что мы святыню дерзко В делах мирских орудием творим?» Он сам обещает поговорить с народом и разоблачить Самозванца.
На равнине близ Новгород-Северского 21 декабря 1604 года происходит сражение русской армии с армией Димитрия. В армии Димитрия немцы, французы, ляхи, воюющие слаженно. Русские воины раздражены тем, что царю Димитрию служат иноверцы. Армия Димитрия побеждает и славит его.
На площади перед собором в Москве народ ожидает окончания обедни и молебствия. Люди верят, что на Москву идёт настоящий царь Димитрий, а не проклинаемый в церкви разбойник Отрепьев. Мальчишки дразнят юродивого, а старуха даёт ему копеечку и просит помолиться за неё. Мальчишки отнимают копеечку. Юродивый жалуется на них вышедшему из церкви царю и требует зарезать детей, как Борис велел зарезать маленького царевича. Царь просит молиться о нём, но юродивый отвечает: « Нельзя молиться за царя Ирода…»
В Севске Самозванец расспрашивает пленного московского дворянина Рожнова о событиях в ставке врага. Самозванец узнаёт, что Годунов встревожен поражением, раной Мстиславского, что царь назначил Шуйского воеводой, а Басманова отозвал в Москву и посадил в Думе. Пленный рассказывает, что в Москве тихо, но возобновились пытки и казни. Доносчиков допрашивает сам царь. Самозванец решает завтра же вступить в бой, хотя его войско насчитывает лишь 15 тысяч, а войско царя — 50.
В лесу Самозванец снимает со смертельно раненного коня узду и подпругу, чтобы конь умер на воле. Пушкин поражён, что Самозванец больше жалеет коня, чем погибшего в бою Курбского. Самозванец обвиняет в поражении запорожцев, не выдержавших отпора, и восхищается немцами, собираясь составить из них почётную дружину.
В Москве в царских палатах Борис опасается нового нападения Самозванца, вновь собравшего рассеянное войско в Путивле. Царь собирается поставить в воеводы незнатного Басманова, «не род, а ум». Он открывает Басманову свою основную задачу – усмирить народ. Во время приёма иноплеменных гостей Борис падает, из уст и ушей хлещет кровь. В последнем монологе царь напутствует своего сына, предлагает избрать советником Шуйского, а воеводой Басманова, ослабить, а со временем снова затянуть державные бразды, не изменять ход державного правленья, хранить церковный устав, быть молчаливым, в семье быть главой, почитать мать и любить сестру. Перед смертью Борис велит боярам и Басманову присягнуть на верность Феодору и принимает монашеский постриг.
В ставке Пушкин предлагает воеводе Басманову присягнуть « законнейшему» наследнику. Басманов знает, что Димитрий самозванец. Он верен юному царю: «Пока стою за юного царя, Дотоле он престола не оставит…» Пушкин сознаётся, что войско у самозванца не больше 8 тысяч и слабое, но его приверженцы сильны народным мнением. Басманов страшится измены, победы бунтовщиков, но не хочет изменять присяге, «доверенность младого венценосца Предательством ужасным заплатить».
На Лобном месте Пушкин обращается к народу и объясняет, что Божий суд уже поразил Бориса, что Россия покорилась Димитрию, а Басманов привёл полки ему к присяге. Пушкин обещает боярам, дворянам, людям приказным, ратным, гостям, купцам и всему честному народу милости от Димитрия. Толпа идёт в Кремль в царские палаты « вязать Борисова щенка» .
В Кремле в доме Борисовом Феодор и Ксения под стражей. Одни жалеют «бедных детей», другие считают, что они « проклятое племя» злодея Годунова. В дом входят бояре. Народ думает, что они пришли приводить к присяге Феодора Годунова. Когда смолкают шум и крики, боярин Мосальский объявляет народу, что Мария Годунова и сын её Феодор отравили себя ядом. В ответ на призыв кричать «Да здравствует Димитрий!» народ безмолвствует.
