Именно эти споры формируют, с одной стороны, идеологическую и философскую проблематику романа; с другой — его сюжетно-композиционную структуру, способную воплотить подобное содержание.
Действие романа переводится во внесобытийный ряд. Повествование об обыденной жизни шарашки в течение трех суток наполнено множеством каждодневных событий, но не они определяют развитие внутреннего действия. Оно развивается в диалогах героев, в их ожесточенных спорах. Эти споры затрагивают проблемы философские (внешняя несвобода и внутренняя свобода, доступная развитой личности) и политические (оптимальная форма политической организации общества).
Споры героев, такие, например, как постоянные стычки марксиста и убежденного коммуниста Рубина с Нержиным и Сологдиным, закачивающиеся болезненным и даже трагическим для Рубина поражением в ночной схватке с Сологдиным, формируют идеологическую проблематику романа.
Диалоги, в которых формируются философские, политические, идеологические аспекты проблематики и которые становятся формой развития внутреннего действия романа, дополняются полилогами. Роман обретает черты полифоничности, наполняется множеством разных голосов.
Итак, с хронотопом шарашки связана завязка внешнего и внутреннего романного сюжета. Ho от этого центрального хронотопа романа ответвляются сюжетные линии, формирующие другой хронотоп, противостоящий миру заключенных. Он включает в себя богатую квартиру прокурора Макарыгина, кабинеты МГБ, МИДа, квартиру дипломата Володина. Неотъемлемой чертой этого хронотопа является персональный автомобиль “Победа”, едущий за Яконовым в его ночной прогулке по Москве или ждущий его звонка в гараже, привозящий высокопоставленных офицеров на шарашку, тот самый автомобиль, к которому так привык Володин. К этому же хронотопу примыкает и ночной кабинет Сталина, где происходит его встреча с министром госбезопасности Абакумовым.
Связывает эти два хронотопа все тот же центральный сюжетный узел романа — звонок Володина. Лишь пять чиновников МИДа знали о предстоящей операции советской разведки. Для сличения голоса звонившего в посольство необходимы записи телефонных разговоров этих пятерых. Так в роман вводятся телефонный разговор Иннокентия с женой Дотнарой, дочерью прокурора Макарыгина, история его отношений с ней и поездка на вечеринку, где он встречает своего шурина писателя Галахова, всех трех дочерей Макарыгина, журналистов, других представителей советской элиты, Щагова. Центральная линия романа, его завязка, тоже соединяет два хронотопа и показывает легкость падения с вершин элитарного благополучия в бездну Лубянки. Арест Иннокентия, развязывающий главную сюжетную линию, происходит в привычной и уютной служебной машине, которая везет его из богатой московской квартиры в Лубянскую тюрьму — из одного мира в другой, из одного измерения в совсем иное.
Другая сюжетная линия, связывающая этот мир со спецтюрь-мой, обусловлена тем, что Клара, младшая дочь Макарыгина, работает на шарашке. Там складываются ее отношения с Руськой, так и не реализовавшиеся. К этому же хронотопу относится и ретроспектива членов семьи Макарыгина, рассказ об их жизни в эвакуации в Ташкенте (глава 43).
Третий хронотоп включает в себя московские улицы, по которым в состоянии безнадежности после приема у Абакумова бродит полковник Я конов, вагоны и станции метро, где оказывается возможной встреча подполковника Климентьева и жены Глеба Нержина Надежды, комнаты аспирантского общежития, где разворачиваются ее отношения с Щаговым. Этот хронотоп занимает как бы промежуточное положение между первыми двумя, здесь возможна встреча героев и завязка сюжетных узлов, соединяющих два противопоставленных мира, представленных первыми двумя хронотопами. Именно здесь, при случайной встрече в вагоне метро, Надя вымаливает свидание с мужем у Климентьева, именно отсюда попадает Щагов на молодежную вечеринку, устроенную Макарыгиными в первую очередь для дочери Клары, которая пока не устроила свою личную жизнь.
Последний, четвертый хронотоп романа являет собой истинную Россию, ту самую отчизну, которую представляет дипломат Иннокентий Володин за рубежом, но которую он не может представить сам себе. Попыткой познания этого мира обусловлена жертва Иннокентия своей устроенной судьбой, своей жизнью. Этот хронотоп включает в себя летнюю поездку с Кларой Макарыгиной на электричке в деревню Рождество, посещение разрушенной церкви и, конечно же, встречу с тверским дядей Иннокентия по матери Авениром, разговоры с ним в его ветхом одноэтажном кривеньком деревянном доме. Ho этот хронотоп истинной, живой России включает в себя и ее историю, утерянную и забытую. Эта история открывается Иннокентию в архиве матери — в фотоальбомах с четкой ясностью старинных фотографий, в театральных программках Петербурга и Москвы, журналах, представивших герою все богатство жизни рубежа эпох:
«…от одних названий пестрило в глазах: “Аполлон”, “Золотое руно”, “Гиперборей”, “Пегас”, “Мир искусства”. Репродукции неведомых картин (и духа их не было в Третьяковке!), театральных декораций. Стихи неведомых поэтов. Бесчисленные книжечки журнальных приложений — с десятками имен европейских писателей, никогда не слыханных Иннокентием. Да что писателей! — здесь были целые издательства, никому не известные, как провалившиеся в тартарары: “Гриф”, “Шиповник”, “Скорпион”, “Мусагет”, “Альциона”, “Сирин”, “Сполохи”, “Логос”».
Сжатый во времени сюжет романа не давал прямой возможности введения этого хронотопа, поэтому он связан с предысторией Володина, с рассказом о его прозрении и возрождении.
Как и всегда, Солженицын автобиографичен. Деревня, куда приезжают герои, знакома писателю: именно в деревне Рождество на летней даче жил он, скрываясь, создавая и пряча свои произведения в 1964—1965 гг.
Каждый из четырех хронотопов романа формирует свой мир со своей иерархией, системой ценностей, представлениями о смысле жизни, добре и зле, чести и бесчестии. Эти понятия часто противоположны друг другу. Манеры поведения, навыки обыденного общения, бытовые установления, характеризующие один хронотоп, оказываются немыслимыми при пересечении героем его границ. Именно поэтому такую неловкость ощущает подполковник Климентьев во время разговора в вагоне метро с Надеждой, женой Нержина. В Лефортовской тюрьме она была бы для него женой врага народа, в поезде метро должна стать независимой самостоятельной и привлекательной молодой женщиной.