Повесть «Крейцерова соната», написанная в 1887-1889 гг., отразила представления позднего Толстого о губительной силе чувственной любви, «похоти». Семейная драма Позднышева, в трактовке автора, — следствие «власти тьмы», то есть нездоровых, распаленных страстей, вытесняющих подлинную основу семейно-брачных отношений — духовную близость. В послесловии к «Крейцеровой сонате» Толстой объявил идеалом жизни целомудрие и безбрачие.
В течение десяти лет (1889-1899) Толстой работал над последним романом «Воскресение», сюжет которого возник на основе подлинного судебного дела. Главная идея этого беспрецедентного по силе социальной критики романа — духовное «воскресение» человека. Социальные институты, религию, мораль и право — всю современную жизнь, уродующую людей, писатель показал с позиций своей религиозно-нравственной философии. Размышляя о «конце века», Толстой подвел неутешительные итоги XIX столетия, в котором материальная цивилизация взяла верх над духовностью, заставив людей поклоняться фальшивым ценностям. Однако писатель убежден, что подобно тому, как неправедная, бессмысленная жизнь князя Нехлюдова завершилась его прозрением и нравственным «воскресением», подлинной перспективой существования всех людей должно стать преодоление лжи, фальши и лицемерия. В преддверии XX в. Толстой размышлял о грядущей «весне» человечества, о торжестве жизни, которая пробьется, как первая весенняя трава, сквозь «плиты камней».
Работая над «Воскресением», Толстой одновременно писал повести «Отец Сергий» (1890-1898) и «Хаджи-Мурат» (1896-1904). Оба произведения были впервые опубликованы (с цензурными купюрами) только в 1912 г. В 1903 г. написан рассказ «После бала» (опубликован в 1911 г.). Ярким явлением в позднем творчестве Толстого стали пьесы «Власть тьмы», «Плоды просвещения» к «Живой труп».
Несмотря на то, что в 1880-е — 1890-е гг. много времени и сил Толстой отдавал работе над публицистическими произведениями, считая, что писать «художественное» «стыдно», его литературная деятельность не прекращалась. Само присутствие патриарха русской литературы благотворно влияло на художественную и общественную жизнь России. Его произведения оказались созвучными идейным и творческим исканиям молодых писателей начала XX
в. Многие из них (И.А.Бунин, М.Горький, А.И.Куприн, М. П. Арцыбашев и др.), как и тысячи людей на разных континентах, прошли через увлечение «толстовством».
Толстой был не только подлинным художественным авторитетом, но и « учителем жизни », примером подвижнического отношения к нравственным обязанностям человека. Его религиозно-нравственное учение, не совпадавшее с православной догматикой (в начале 1900-х гг. Святейший Синод отлучил Толстого от церкви), воспринималось как ясная программа жизни.
Уход Толстого из Ясной Поляны 27 октября (10 ноября) 1910 г. стал не только завершением острого семейного кризиса. Это был итог мучительных размышлений писателя, давно отказавшегося от собственности, о ложности своего положения проповедника в условиях жизни барской усадьбы. Смерть Толстого символична: он умер на пути к новой жизни, так и не сумев воспользоваться плодами своего «освобождения». Заболев воспалением легких, Толстой скончался на маленькой железнодорожной станции Астапово 7 (20) ноября и 10 (23) ноября 1910 г. был похоронен в Ясной Поляне.